Note importante : Voir les commentaires de cet article pour supprimer les commandes sur les dernières versions de Magento.

Magento permet d’annuler une commande, mais ne propose pas la possibilité de supprimer une commande qu’elle soit terminée ou non. Cela est utile pour supprimer les commandes de test sans pour autant supprimer toutes les commandes de Magento.

Pour cela direction la base de données afin d’agir directement sur celle-ci :

-- Renseigner votre numéro de commande ici
SET @increment_id = 100000025;
-- Récupère l'id de la commande en interne
SELECT @order_id := entity_id FROM sales_order WHERE increment_id = @increment_id;
-- Supprime la commande
DELETE FROM sales_order WHERE entity_id = @order_id;
-- Supprime tous les enregistrements en relation avec la commande
DELETE FROM sales_order_entity WHERE parent_id = @order_id;
-- Supprime les factures, remboursement, expéditions en relation avec la commande
DELETE s FROM sales_order_entity s
 JOIN sales_order_entity_int si on s.entity_id = si.entity_id
 JOIN eav_attribute a on si.attribute_id = a.attribute_id
 WHERE
 a.attribute_code = 'order_id'
 AND si.value = @order_id;
-- Supprime les enregistrements dans la tables des produits commandés
DELETE FROM sales_flat_order_item WHERE order_id=@order_id;

[Source : http://www.magexpert.com/2010/02/comment-supprimer-une-commande-terminee-dans-magento/]